La Universidad del Mar fue fundada el 31 de mayo de 1989 por iniciativa de a Corporación Educacional Mar Futuro y gracias a la visión y aporte de los fundadores pudo iniciar sus clases en Marzo de 1990. Las actividades académicas iniciales se centran en las carreras de Ingeniería civil Industrial, Ingeniería en Ejecución Industrial, Educación Parvularia, Licenciatura en ciencias del Mar, Derecho, Contador Auditor, Comercio Internacional, Pedagogía en Ingles, Psicología e Ingeniería en Ejecución en Pesca y Acuicultura.

Con fecha 22 de marzo de 1993, el Consejo Superior de Educación recibió la carta de opción formal por el sistema de acreditación de la Universidad del Mar.  Posteriormente, a través de carta recibida con fecha 4 de septiembre de 1993, la universidad presento su proyecto institucional al Consejo superior de Educación, contando a esa fecha, con el reconocimiento oficial de las carreras. Luego después de un proceso de evaluación de varios años por parte del Consejo Superior de educación logro su Autonomía el 31 de enero de 2002, por medio del Acuerdo 031/2002 del Consejo Superior de Educación.

A partir del año 2003, y atendiendo al llamado de las instituciones gubernamentales de aumentar y facilitar el acceso a la Educación Superior, así como colaborar en la disminución de la inequidad en el acceso y en las oportunidades de los jóvenes a la formación profesional, la Universidad del Mar se acerca a aquellos lugares y regiones donde puede colaborar en ese desafió. Es por ello que hoy al 2009 la institución cuenta con 9 sedes, desde Arica a Punta arenas, donde en cada una de ellas se otorga y se entregan los beneficios directos de acceso a créditos, así como el acompañamiento en el proceso formativo de los alumnos.